Bruno Mitewo, o presidente da Caritas Congolesa, disse à BBC que os rebeldes mataram 150 civis em Faradje, quase 75 em Duru e 215 em Duruma, aldeias ao longo da fronteira com o Sul do Sudão.
Mitewo disse que as vítimas foram mortas à catanada e à paulada ou queimadas vivas.
O porta-voz do LRA, David Nekorach Matsanga negou que os rebeldes sejam os autores das atrocidades.
As forças armadas do Uganda, RD Congo e Sul do Sudão têm atacado campos do LRA na floresta de Garamba, no nordeste do Congo, desde o dia 14 de Dezembro.
Especialistas vêem os massacres como retaliação pelos ataques aéreos e terrestres às bases dos guerrilheiros.
Os elementos do LRA - cerca de 650 - foram acantonados na fronteira entre o sul do Sudão e a RD Congo há dois anos no início das conversações de paz em Juba entre os rebeldes e o governo ugandês.
As conversações, mediadas pelo vice-presidente do Sul do Sudão, foram concluídas em Abril, mas Joseph Kony, o líder rebelde, recusou-se a assinar o acordo final de paz exigindo a revogação do mandado de captura que o Tribunal penal Internacional passou em seu nome.
Fontes bem colocadas asseguram-me que o que Kony quer é que os negociadores dupliquem a compensação económica pela sua assinatura.